まず、最寄りの警察署にマイナンバーカードの遺失物届をしてください（電話でも可能）。このときに届出番号が示されますので、メモしてください。
次に、マイナンバーカード総合フリーダイヤル（無料：☎0120-95-0178）へ連絡して、マイナンバーカードの機能の一時停止をしてください。
マイナンバーカードの再発行を希望される場合は、市民課にカードの紛失届を提出（このときに遺失物届の届出番号が必要になります）した上で、再発行の申請をしてください。
詳しくは、こちらをご覧ください。